Mohd Shafie terpilih Naib Presiden UMNO bersama Datuk Seri Dr Ahmad Zahid Hamidi dan Datuk Seri Hishammuddin Tun Hussein. Perhimpunan Agung UMNO 2009 telah diadakan pada 28 Mac 2009. Wakil dari Sabah seperti Datuk Bung Mokhtar Radin,Datuk Seri Musa Aman dan Rosnah Rashid Shirlin turut terpilih dalam perhimpunan itu bagi memulihkan UMNO setelah dikejutkan dengan tsunami politik 2008.

Pada tahun 2016, beliau telah meletakkan jawatan sebagai Naib Presiden UMNO dan kemudiannya menubuhkan Parti Warisan Sabah.